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现在新农合已经和城乡居民医疗保险进行了合并，在没有合并之前，农村居民缴纳的医疗保险的称为新型农村合作医疗，而城镇居民缴纳的医疗保险，称为城镇居民医疗保险，按照当时的职责划分和缴费的情况，两者是两个不同的医疗保险制度。
第一，城乡居民医疗保险制度建立的背景。
2016年之前，我国农村的医疗保险叫新型农村合作医疗，所谓合作医疗就是农民出一点，集体出一点，国家出一点，以农村合作经济组织为单位，联合建立的合作医疗组织，全称为“新型农村合作医疗”，而没有保险两个字。同时在城市，除了城镇职工医疗保险以外，一般的城镇居民缴纳城镇职工医疗保险比较困难，于是在城镇建立专门针对城镇居民的城镇居民医疗保险。由于各类医疗保险管理机制不同，缴费标准不同，报销比例不同，信息不能互通，基本处于各自为政的状态，不但增加了管理的负担，同时也增加运营和管理的成本，医疗统筹基金效率比较差，贫富不均的现象集中体现比较明显。为了充分整合各种医疗保险资源，按照按照全覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，加强统筹协调与顶层设计，遵循先易后难、循序渐进的原则，从完善政策入手，推进城镇居民医保和新农合制度整合，逐步在全国范围内建立起统一的城乡居民医保制度，推动保障更加公平、管理服务更加规范、医疗资源利用更加有效，促进全民医保体系持续健康发展。
第二，城乡居民医疗保险建立的政策依据。
2016年1月，国务院出台了国发（2016）3号文件，即《国务院关于整合城乡居民基本医疗保险制度意见》，将原来农村新农合、城镇居民医疗保险整合为城乡统一的城乡居民医疗保险。随着城乡居民医疗保险制度的建立，以前我国存在的三大医疗保险格局被消除，新农合和城镇居民医疗保险、职工医疗保险共存的三角格局被彻底打破，取而代之的是城镇职工医疗保险，城乡居民医疗保险两大保险种类，从三角鼎力过度到二维对决。
第三，城乡居民医疗保险和新农合的主要区别。
城乡居民医疗保险和新农合，综合起来存在如下主要区别：一是整合后的城乡居民医疗保险，既包含了新农合，也包含了城镇居民医疗保险，城乡居民医疗保险的外延和内涵更加丰富，新农合属于城乡居民医疗保险中包含的内容之一；二是从参保对象来看，城乡居民医疗保险既包含了农村居民，同时也包含了城镇居民，所有的城乡居民都可以参加城乡居民医疗保险，享受城乡居民医疗保险的报销待遇、新农合的参保对象只是针对农村居民，而城镇居民是不允许参加新农合的；三是从统筹层次来看，城乡居民医疗保险的统筹层次更高，属于地市级统筹，在一个地级市范围内，都可以在全市范围内选择定点的医疗机构住院看病。新农合属于县级统筹，统筹层次比较低，只能在县内住院就医，如果要到更高一级医疗机构看病，需要逐级转诊；四是报销比例的区别。新农合由于受到参保人数、缴费标准的限制，医疗统筹基金相对比较少，所以新农合在三甲医院 的报销比例比较低，普遍只有30%左右；城乡居民医疗保险，由于医疗统筹基金是在一个地市的范围内统一收缴，统一使用，报销比例普遍可以达到50%左右，今后逐渐可以达到70%左右。
综上所述，城乡居民医疗保险是以新农合和城镇居民医疗保险作为基础，并在这个基础逐步完善和发展起来的，与新农合相比，统筹层次更高，报销比例更高，参保范围更广。随着城乡居民医疗保险制度的建立，新农合制度将彻底退出了历史舞台，取而代之的是全国统一的城乡居民医疗保险制度。
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